Memetakan Situs Enzim Restriksi

Bagaimana cara mengetahui enzim restriksi apa saja yang dapat memotong suatu fragmen DNA? Gampang, saat ini banyak sekali software yang bisa membantu kita memetakan situs pemotongan enzim restriksi. Kita hanya perlu memasukkan sekuen DNA dan peta enzim restriksi pun langsung terbentuk.

Saat ini terdapat sekitar 3000 Enzim restriksi yang sudah dipelajari dan 600 diantaranya tersedia secara komersial. Enzim restriksi sangat diperlukan dalam teknologi rekayasa genetika (lihat kembali artikel kami tentang rekayasa genetika). Peta enzim restriksi sangat diperlukan untuk mengetahui enzim apa saja yang dapat memotong DNA kita dan mana yang tidak. Berikut ini beberapa software yang dapat membantu kita membuat peta enzim restriksi.

NEBCutter

• Website: http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
• Lisensi: Free

Software ini adalah fasilitas gratis yang disediakan situs NEB (New England Biolabs). NEBCuttet harus diakses secara online melalui web browser. Berikut ini langkah-langkahnya:

• Buka situs NEBCutter: http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

NEBCutter Input Page

• Sekuen DNA dapat dimasukkan dengan beberapa cara: (1) Upload dari file yang sudah ada, (2) Memasukkan Accession Number jika input berasal dari data GenBank, (3) Memasukkan sekuen DNA ke kotak yang disediakan, atau (4) Memilih sekuen standar yang ada di database NEBCutter.
• Atur beberapa parameter jika ada yang perlu diubah
• Klik “Submit”
• Tunggu beberapa saat hingga keluar peta situs restriksi seperti gambar berikut:

NEBCutter Result Page

SMS (Sequence Manipulation Suite)

• Website: http://www.bioinformatics.org/sms2/rest_map.html
• Lisensi: Free

SMS adalah kumpulan berbagai tools bioinformatika yang tersedia secara online dan gratis, salah satunya adalah untuk membuat peta situs restriksi. Berikut ini langkah-langkahnya:

• Buka situs http://www.bioinformatics.org/sms2/rest_map.html

SMS Input Page

• Masukkan sekuen DNA pada kotak yang tersedia
• Atur beberapa parameter jika perlu
• Klik “Submit” dan tunggu beberapa saat hingga peta situs restriksi selesai ditampilkan.

SMS Result Page

RestrictionMapper

• Website: http://www.restrictionmapper.org/
• Lisensi: Free

RestrictionMapper merupakan software pemeta enzim restriksi yang tampilannya paling sederhana namun tetap mumpuni. Selain untuk memetakan situs pemotongan enzim restriksi, RestrictionMapper juga bisa melakukan virtual digest, yaitu mensimulasikan bagaimana hasilnya jika suatu sekuen DNA dipotong menggunakan enzim-enzim tertentu.

Berikut ini tampilan RestrictionMapper

RestrictionMapper Input Page

Untuk membuat peta, masukkan sekuen pada kotak input, kemudian klik “Map Sites” dan hasilnya kira-kira seperti berikut:

RestirctionMapper Result Page (Map Sites)

Untuk virtual digest, caranya hampir sama, yaitu memasukkan sekuen ke kotak input, lalu klik “Virtual Digest” dan tampilan hasilnya juga sederhana seperti ini:

RestrictionMapper Result Page (Virtual Digest)

Selain 3 software yang sudah dipaparkan di atas, masih banyak software lain yang bisa digunakan, ada yang tersedia secara online, ada juga yang berupa software yang dapat diinstall di komputer seperti BioEdit dan Geneious. Silakan tanya ‘mbah Google’ untuk keterangan lebih lanjut 

Sumber: http://sciencebiotech.net/mencari-situs-enzim-restriksi/

Jika menurut sobat artikel ini bermanfaat, silahkan vote ke Lintas Berita agar artikel ini bisa di baca oleh orang lain.